Aktiivtsenter on ensüümi pinnaala, millega seostub substraat. Aktiivtsentris paiknevad aminohappejääkide katalüütilised rühmad, mis seovad endaga substraadi. Aktiivtsentril on kaks põhilist rolli:

  • Siduv roll - seob endaga substraadi
  • Katalüütiline roll - muudab substraadi produktiks, tänu millele toimub aktivatsioonienergia alandamine

Akriivtsenter ja substraat peavad olema komplementaarsed, et saaks tekkida ES kompleks. Ensüüm võib muuta ka oma konformatsiooni, et siduda substraati efektiivsemalt. Substraati ja ensüümi hoiavad koos nõrgad vastastiktoimed: vesiniksidemed, hüdrofoobsed interaktsioonid ja hüdrofiilsed interaktsioonid. Harva esinevad ka kovalentsed ja kooperatiivsed sidemed.

Kui substraat on muundatud produktiks, eemaldub see ensüümi aktiivtsentrist, sest kaob ensüümi ja tekkinud produkti komplementaarsus.